SSR(Simple Sequence Repeats)又叫微卫星DNA(Microsatellite DNA).重复单位很短,只有1-6bp,,重复数可变,总长度为几十个b,分布于整个基因组的不同位置上。微卫星DNA两端的序列一般是相对比较保守的单拷贝序列,据此可设计特异引物进行PCR扩增串联重复序列。根据串联重复数不同,便可以揭示微卫星DNA长度的多态性,具长度多态性片段可用作分子标记。微卫星标记因具多态性丰富、重复性好、共显性等优点广泛应用于遗传图谱构建、种群遗传学、指纹分析、系统发育等研究领域。
将SSR富集技术和高通量测序(454测序平台)平台运用于分子标记辅助育种领域,开发出SSR标记筛选高通量SSR技术。应用特异吸附技术,分离基因组中带SSR位点的DNA片段获得高质量SSR筛选文库,结 合高通量测序454分析平台,在短时间内获得几万条-几十万条带SSR位点的系列信息。在此基础上,利用高性能计算资源和强大的生物信息分析能力设计引物,用PCR检测位点多态性。传统的SSR标记多态性检测是通过聚丙烯酰胺大板胶分离的方法,随着荧光标记PCR引物的引入,可以利用Magbase1000、ABI3100、ABI3730XL等测序仪对扩增产物进行检测分析,实现SSR分子标记分析群遗传多样性的自动化。从而很大程度节省监测时间和费用;便于发现新的SSR分子标记。