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生物医学公共数据深度挖掘及应用培训班

还在认为没有实验就不能发表论文?

手头有很多数据,不知道该怎么进一步挖掘?

还在为不知道如何找靶点而苦恼?

还在为不精通挖掘GEO、TCGA等数据库而痛苦不堪?

还在为不会那些高大上的图表而暗自伤神?

快来参加北京市计算中心举办的生物医学公共数据深度挖掘及应用培训班吧!

本次培训对目前公共数据挖掘热点进行系统介绍,提供一次系统了解TCGA、GEO、SRA、ENCODE等数据库数据产生、分析及挖掘的课程。通过大量演练操作,帮助科研人员利用这些公共数据库挖掘多组学数据,以便为自身科研项目服务。欢迎报名参加。

授课对象:

从事生物医学研究的临床医生、转化研究科研人员;

课题经费不足,无法进行大规模测序,但需要发表SCI论文的相关研究人员;

已获得转录组、基因组等多组学数据,需要进一步挖掘分析人员;

对生物医学大数据分析与挖掘感兴趣的其他人员。

培训效果:

短、平、快,为基金申请保驾护航,发表paper如虎添翼;

掌握多组学数据分析核心技能,GEO、TCGA、SRA数据处理没有压力;

科研绘图:以一敌百,高端大气,私人订制;

一套数据多角度演练,更易掌握分析思路。
在线报名

主办单位:北京市计算中心
协办单位:北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心
云计算关键技术与应用北京市重点实验室
北京市计算中心—工信部和信息化人才培养工程培训基地
北京市计算中心—北京市大数据教学实践基地
举 办 地:北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼
课程安排:2021年6月1-4日  上9:30-11:30   下13:30-17:00

时间

主题

授课内容

第一天

公共数据库挖掘热点介绍

1、疾病诊断biomarker鉴定
2、疾病预后biomarker鉴定
3、可变剪切与预后相关分析
4、肿瘤免疫分析
5、多组学泛癌症分析
6、人工智能研究在病理切片识别上的应用
7、人工智能多组学数据整合分析

常用生物医学数据库介绍

1、用生物医学数据库介绍:
1)大型综合数据库:NCBI、UCSC
2)公共高通量测序数据库:SRA
3)公共基因表达谱数据库:GEO
4)公共癌症多组学数据库:TCGA
2、各大数据库数据下载

第二天

R语言基础

1、R语言简介
2、R语言安装及配置
3、R语言数据结构
4、R语言数据处理
5、R语言绘图

基于公共数据的Biomarker挖掘鉴定演练(一)

1、差异表达分析及结果可视化:
1)edgeR包使用
2)火山图绘制
3)聚类热图绘制
2、GO、KEGG功能富集分析及结果可视化:
1)GO富集分析
2)KEGG富集分析
3)富集分析气泡图绘制

第三天

基于公共数据的Biomarker挖掘鉴定演练(二)

1、利用string数据库查询基因/蛋白相互作用
2、利用cytoscape工具构建相互作用网络
3、网络拓扑结构分析、关键基因识别

基于公共数据的Biomarker挖掘鉴定演练(三)

预后相关性分析、生存曲线、ROC曲线绘制:
1)利用R包进行单因素及多因素预后分析
2)生存曲线绘制、生存曲线差异显著性分析
3)RISK score计算及结果可视化

第四天

多组学数据联合分析演练(一)

甲基化与转录组整合分析思路演练
1)甲基化数据预处理
2)差异甲基化位点及区域识别
3)甲基化与转录组数据联合分析
4)公共表观数据库:ENCODE、regulomeDB

多组学数据联合分析演练(二)

lncRNA-miRNA-mRNA全转录组整合分析思路演练
1)lncRNA表达谱数据获取
2)miRNA靶基因分析
3)lncRNA与mRNA表达相关性分析
4)ceRNA网络构建及结果可视化

 

注:课程以实际发生为准;若调,会提前通知。
报名费用
注册费:4800元/人(含当期听课费、资料费、证书费、考试费(如有))。培训期间,免费提供工作午餐。
提供当期视频回放以供复习使用(北京市计算中心羽林学院平台)。
开具增值税发票,提供盖章通知、结业证书等相关材料。
报名优惠政策
1、3人以上团体报名每人可减少300元;
2、4+1团报,可免费赠送一个名额;
3、上面优惠政策不能同时享受,只能享受其中一种;
老学员参加及推荐学员参加均可额外优惠200元。
付费方式
现金、支票、银行转账、银行汇款、现场刷卡
单位全称:北京市计算中心
账号:0200151819100023937
开户银行:中国工商银行股份有限公司北京永丰支行
(汇款信息备注:“生物计算——您的姓名”,个人汇款请备注单位名称)
注:款项支出后,请提供付款回执给工作人员,方便核实到账、开具发票。

联系方式
韩老师 电话:13121228066 QQ:2596453578 邮箱:haipinghan@163.com
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《生物医学公共数据深度挖掘及应用培训班》报名表

培训班类型
姓名 性别
从事专业 职务
工作单位 住宿
通讯地址 邮编
电子邮件 手机
发票抬头 发票内容
备注

报名信息提交成功后一般两个工作日内会收到会务组邮件回复,如未按时收到信息请联系13121228066 (韩老师)确认。