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计算生物学—生物分子结构预测和动力学研讨班

计算生物学是一门典型的交叉学科,涉及的学科包括数学、统计学、化学、物理学、生物学和计算机科学等。就整个学科的内容而论,计算生物学最终是以生命科学中的现象和规律作为研究对象,以解决生物学问题为最终目标,数学和计算机仅仅是解决问题的工具和手段。
计算生物学领域的研究进展极大地加深了我们对和疾病密切相关的分子靶标的认识。所有生命过程的实现都是相应蛋白质发挥相应功能实现的,然而,如何有效地利用基本生物学信息,还需要我们从分子甚至原子水平上来掌握生物大分子的三维结构和相关分子之间(蛋白质、核酸、小分子)的相互作用,进而针对疾病靶标来设计治疗性药物。
本研讨班旨在具体蛋白质与相关分子(蛋白质、核酸、小分子)的结构预测,并进一步进行分子动力学模拟预测结构在实际反应体系下的结构特点,进而为生命现象的解释及疾病靶标的改造提供支撑。
本次研讨班分为四个阶段
1、掌握必备的基础知识
深刻解读蛋白质结构文件、蛋白质三维结构获取,蛋白质三维结构展示,相关软件安装和操作等。
2、掌握相关分子结构预测流程
以实际操作为例,形象展示蛋白质、核酸、小分子结构的预测流程及三维结构查看,为后续分子动力学模拟奠定基础。
3、掌握分子动力学模拟流程
以实际结构为例,详细介绍分子动力学的原理、软件过程及后续结果分析。
4、基于分子结构预测和分子动力学模拟的研究思路
以实际案例和高分论文为例,讲解计算生物学研究思路
 
在线报名
授课对象:有计算生物学分析需求的或者希望深入了解并掌握分子结构数据库及分析工具的研究生、科研工作者。
学员基础:由于培训具备一定的深度和广度,我们希望学员应具有学习计算生物学软件的兴趣、基本的生物、化学概念和相关基础知识。
电脑要求:64位windows10操作系统,运行日常程序流畅。
主办单位:北京市计算中心
协办单位:
北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心
云计算关键技术与应用北京市重点实验室
北京市计算中心—工信部和信息化人才培养工程培训基地
北京市计算中心—北京市大数据教学实践基地
举 办 地:北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼
课程安排2020年12月21-23日  上午9:30-11:30   下午13:30-17:00

日期 主题 内容 备注
第一天 计算生物学研究方法及蛋白质数据库使用 1、计算生物学概述
2、生物分子结构预测和动力学模拟研究案例介绍
3、PDB数据库:蛋白质结构的检索和获取
4、PDB文件:蛋白质结构文件详解
5、挑选最新Cell、Nature、Science、PNAS等高端杂志论文,进行论文思路阐述
理论+操作
生物分子结构可视化软件介绍与使用 1、VMD:结构可视化软件操作演练
2、氨基酸突变对蛋白质结构的影响分析
3、VMD查看分子动力学模拟结果
4、VMD作图实例讲解与练习
第二天 蛋白质结构预测原理及软件实操 1、同源建模原理介绍
2、Swiss-model:在线同源建模
3、Modeller:同源建模软件操作演练
4、I-TASSER:蛋白质结构预测
5、Rosetta:蛋白质结构预测和分子对接
6、蛋白质结构预测结果分析
理论+操作
其它生物分子结构预测原理及软件实操 1、NDB:核酸结构数据库及核酸结构预测
2、Pubchem:化学小分子结构获取与预测
理论+操作
蛋白质-核酸对接
第三天 分子动力学模拟原理及软件实操 1、分子动力学简介
2、NAMD:分子动力学模拟软件操作演练
3、Linux系统介绍
4、Gromacs:分子动力学模拟软件操作演练(Linux操作系统下)
5、Amber:分子动力学模拟软件操作演练(Linux操作系统下)
6、分子动力学计算与结果分析
理论+操作
 

注:课程以实际发生为准;若调,会提前通知。
报名费用
注册费:4200元/人(含当期听课费、资料费、证书费、考试费(如有))。培训期间,免费提供工作午餐。
提供当期直播回放(北京市计算中心羽林学院平台)。
开具增值税发票,提供盖章通知、结业证书等相关材料。
注:凡9月开学季报名缴费者有机会获赠价值186元《高通量测序与高性能计算理论和实践》书籍一本。限量50本,先到先得。
报名优惠政策
1、3人以上团体报名每人可减少300元;
2、4+1团报,可免费赠送一个名额;
3、上面优惠政策不能同时享受,只能享受其中一种;
老学员参加及推荐学员参加均可额外优惠200元。
培训以收到学员培训费为成功报名,培训座位按收到费用先后顺序安排。
付费方式
现金、支票、银行转账、银行汇款、现场刷卡
单位全称:北京市计算中心
账号:0200151819100023937
开户银行:中国工商银行股份有限公司北京永丰支行
(汇款信息备注:“生物计算——您的姓名”,个人汇款请备注单位名称)
注:款项支出后,请提供付款回执给工作人员,方便核实到账、开具发票。

联系方式
韩老师 电话:13121228066 QQ:2596453578 邮箱:Haipinghan@bccac.cn
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《计算生物学—生物分子结构预测和动力学研讨班》报名表

培训班类型
姓名 性别
从事专业 职务
工作单位 住宿
通讯地址 邮编
电子邮件 手机
发票抬头 发票内容
备注

报名信息提交成功后一般两个工作日内会收到会务组邮件回复,如未按时收到信息请联系13121228066 (韩老师)确认。